Những bất cập hiện nay
Mô hình chính quyền hiện hữu chưa phân định rõ ràng sự khác biệt trong quản lý hành chính nhà nước ở địa bàn nông thôn và đô thị. Chính vì thế những bất cập trong quản lý đô thị khó có thể khắc phục được. Do chưa căn cứ vào đặc thù của đô thị, bộ máy quản lý luôn trong tình trạng thiếu đồng bộ. Mâu thuẫn giữa tính thống nhất, tích hợp, liên thông trong hệ thống hạ tầng kỹ thuật đô thị với thực tế quản lý phân tán, cắt khúc theo địa giới hành chính và theo các ngành, cứ kéo dài. Nhu cầu quản lý thống nhất, đồng bộ và liên thông ở đô thị không tương thích với việc xác định trách nhiệm theo cấp quản lý, dẫn đến nhiều cơ quan tham gia quản lý nhưng không rõ trách nhiệm. Việc phân cấp quản lý giữa trung ương và địa phương chưa rõ ràng, quyền hạn chưa tương xứng với nhiệm vụ, còn biểu hiện “quyền lực ngành” với cơ chế xin – cho, giấy phép con… Chế độ tập thể lãnh đạo của Ủy ban nhân dân không rõ trách nhiệm người đứng đầu và trách nhiệm cá nhân dẫn đến hội họp nhiều, phản ứng chậm, kém hiệu quả.
Nghị định 93/2001/NĐ-CP có mở rộng phân cấp cho thành phố trên bốn lĩnh vực như: Quản lý quy hoạch, kế hoạch, đầu tư và phát triển kinh tế, xã hội; quản lý nhà, đất và hạ tầng kỹ thuật đô thị; quản lý ngân sách nhà nước và tổ chức bộ máy và quản lý cán bộ, công chức. Nhưng đến nay, nghị định này đã không còn phù hợp do việc ra đời của nhiều luật chuyên ngành. Trong thực tế, về tổ chức bộ máy, Chính phủ quy định khá cứng các cơ quan chuyên môn của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện, riêng cấp xã thì khống chế số lượng cán bộ, công chức. Chính vì thế mà có những phường-xã dân cư đông đến gần 100.000 dân cũng có bộ máy tương tự như những nơi có 10.000 dân và số lượng cán bộ, công chức có được tăng thêm nhưng vẫn không đáp ứng yêu cầu. Thành phố muốn có lực lượng cảnh sát đô thị trực thuộc Chủ tịch Ủy ban hành chính thành phố. Mặc dù, hiện nay thành phố được thí điểm thanh tra xây dựng với lực lượng khá đông nhưng vẫn bất cập trong quản lý trật tự đô thị.
Về tài chính, ngân sách thành phố cũng rất khó khăn vì đang cần nguồn vốn lớn, nhất là đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng, xử lý các vấn đề về môi trường… Nhiều lần, thành phố có đề xuất những cơ chế chính sách về việc được ổn định tỷ lệ điều tiết, về việc giao cho Hội đồng nhân dân quyết định các định mức chi và được quy định một số khoản thu, mức thu về phí để phát triển cơ sở hạ tầng… hoặc có thẩm quyền tạo nguồn thu khác mà luật pháp hiện hành không cấm… nhưng chưa được xem xét. Trong khi nguồn lực, tiềm năng của thành phố còn lớn mà chưa được thu hút cho sự phát triển bền vững theo yêu cầu. Mỗi năm ngân sách thành phố chi cho xây dựng cơ bản khoảng hơn 10.000 tỉ (trong đó trả nợ vay có năm hơn 3.000 tỉ) là không thấm vào đâu.
Thành phố trong thành phố
TP. Hồ Chí Minh là đô thị đặc biệt, có quy mô lớn và đang trên đà phát triển nhanh. Để nâng cao hiệu quả công tác lãnh đạo và quản lý một siêu đô thị, TP. Hồ Chí Minh đề xuất tổ chức lại đơn vị hành chính trực thuộc gồm có thành phố trong thành phố, có quận-huyện và có thể có cả thị xã trong thành phố cho phù hợp với đặc điểm địa lý, hệ thống hạ tầng và điều kiện cho phép. Và như vậy sẽ làm gọn các đầu mối trực thuộc thành phố.
Về cơ cấu tổ chức, thành phố sẽ là cấp chính quyền hoàn chỉnh, các thành phố trực thuộc và thị xã có Hội đồng nhân dân và Ủy ban hành chính (hay Thị trưởng). Ở các quận-huyện, phường không tổ chức Hội đồng nhân dân, chỉ có Ủy ban hành chính thực hiện một số chức năng nhiệm vụ có tính chất đại diện của cơ quan hành chính thành phố, đóng vai trò trung gian, đảm bảo hiệu quả quản lý.
Đối với khu vực nông thôn trong đô thị thì ở cấp huyện chỉ tổ chức cơ quan quản lý hành chính. Ở các xã, thị trấn sẽ có cấp chính quyền hoàn chỉnh hoặc chỉ có Ủy ban hành chính. Chức năng, nhiệm vụ sẽ được xác định phù hợp với đặc điểm và quy mô của địa bàn.