Từ lâu, vùng Biển Đông theo cách gọi của Việt Nam có tên tiếng Anh được biết dưới tên gọi “Biển Nam Trung Hoa” (South China Sea) – được sử dụng phổ biến trong các văn bản chính thức xuất phát từ những thủy thủ người Bồ Đào Nha vào thế kỷ XVI trong quá trình tìm kiếm cơ hội giao thương với Trung Hoa. Lúc đầu là “Biển Trung Hoa” (China Sea), sau đó để phân biệt với các vùng biển khác bao quanh đại lục, nó được gọi lại là “Biển Nam Trung Hoa”. Tổ chức Thủy văn Quốc tế (International Hydrographic Organization – IHO, trụ sở đóng tại công quốc Monaco) cũng đã sử dụng tên gọi “Biển Nam Trung Hoa”.
Đường chín đoạn phi lý của Trung Quốc chiếm đến 80% diện tích Biển Đông
Xét chiều dài lịch sử, xuất hiện nhiều tên gọi vùng biển này từ các nước khác nhau trong khu vực. Trước thế kỷ XVI, vương quốc Champa, một quốc gia hướng biển hùng mạnh, đã gọi vùng này là “Biển Champa” (Champa Sea). Nhật Bản thì gọi là “Minami Shina Kai” vốn cũng mang nghĩa là vùng biển phía nam của Trung Hoa, tương tự với tên gọi khác của các nước Đông Nam Á như Indonesia, Malaysia hay Thái Lan. Philippines sử dụng tên gọi “Biển Luzon”. Cũng phải lưu ý thêm rằng, trong các thư tịch cổ của Trung Quốc có nhắc đến tên “Giao Chỉ Dương” hay biển Giao Chỉ (Giao Chỉ là tên gọi của Việt Nam thời kỳ Bắc thuộc). Tại Việt Nam, hầu hết lãnh thổ hướng chính ra biển là hướng đông nên danh từ “Biển Đông” dùng để gọi tên vùng biển phía Đông Việt Nam.
Các tên biển đã xuất hiện từ thời xa xưa như “Biển Nhật Bản” hay “Biển Nam Trung Hoa” vô hình trung đã khiến cho các nước có tên liên quan như Nhật Bản hay Trung Quốc có được một lợi thế lớn. Họ đã dựa vào đó nhằm tự hợp pháp hóa các lợi ích của mình và xem đó như “các chứng cứ lịch sử” bất chấp sự thật rằng những cái tên đó chỉ nhằm mục đích tạo ra một sự thuận tiện trong giao thông hàng hải. Do đó, nếu chỉ dựa vào tên biển để khẳng định chủ quyền thì sẽ không ổn bởi nếu biển Nam Trung Hoa là biển của Trung Quốc thì Ấn Độ Dương (India Ocean) sẽ là của Ấn Độ và Mexico có thể tuyên bố vịnh Mexico (Gulf of Mexico) thuộc về mình.
Qua đó có thể nhận thấy việc giữ lại tên gọi “Nam Trung Hoa” là không hợp lý. Thực chất, có tên gọi biển “Nam Trung Hoa” vì lúc đó, Trung Quốc là quốc gia lớn nhất, phát triển hơn so với các quốc gia khác cũng như đã có giao thương với phương Tây. Tên gọi của một vùng biển hay đại dương nào đó thường căn cứ vào vị trí của chúng so với vùng đất gần đó cho dễ nhận biết và không có ý xác định chủ quyền. Một vài ví dụ như Ấn Độ Dương ở phía nam Ấn Độ, biển Nhật Bản được bao quanh bởi nhiều quốc gia khác như Nhật Bản, Hàn Quốc, Triều Tiên hay Nga. Nếu xét về địa dư, Đông Nam Á bao bọc hầu như toàn bộ chu vi của Biển Đông với tổng chiều dài bờ biển vào khoảng 130.000km trong khi đường bờ biển của các tỉnh duyên hải phía nam Trung Quốc chỉ vào khoảng 2.800km.
Trên góc nhìn thông lệ quốc tế, không tồn tại một nguyên tắc thống nhất. Việc đặt tên thường dựa vào ý chí chủ quan của một người hay một nhóm người khi họ sử dụng những đặc điểm hay tính chất của vùng biển đó. Tên “Vịnh Ba Tư” là do hai nhà sử học Hy Lạp đặt theo tên của đế quốc Ba Tư hùng mạnh lúc bấy giờ, Địa Trung Hải theo tiếng Latin là “trung tâm của thế giới”, Biển Đỏ với màu đỏ của một loài tảo đặc trưng hay biển Bering được đặt theo tên của một nhà thám hiểm người châu Âu thế kỷ XVIII có tên Vitus Bering…
Hiện nay, Liên Hiệp Quốc có một số cơ chế tham vấn nhằm chuẩn hóa các tên gọi địa lý ở cấp độ quốc gia và phổ biến những tên gọi ấy ra thế giới như “Hội nghị Liên Hiệp Quốc về chuẩn hóa tên gọi địa lý” (UNCSGN) hay “Nhóm các chuyên gia Liên Hiệp Quốc về tên gọi địa lý” gọi tắt là UNGEGN. Tổ chức Thủy văn quốc tế cũng đóng vai trò là một diễn đàn để các quốc gia thành viên có thể thảo luận về các vấn đề liên quan đến biển và đại dương. Một trong các chức năng của tổ chức là giúp đưa ra các quy định về việc đặt tên cũng như tiến hành đo đạc các khu vực biển. Tuy nhiên, việc thỏa thuận cụ thể về tên gọi vẫn phải do các nước có liên quan tự thỏa thuận với nhau. Điển hình như trường hợp của Biển Nhật Bản, với việc cả Hàn Quốc và CHDCND Triều Tiên đều phản đối cách gọi tên như vậy. Thế nhưng tại cuộc họp của UNCSGN vào năm 1992 và cả hai lần tiếp theo vào các năm 1998 và 2002, Hội đồng cũng chỉ yêu cầu các nước liên quan ngồi lại với nhau để tìm ra được tiếng nói chung.