Là vị hoàng đế sáng lập nên triều Nguyễn, vua Gia Long đã đặt nền móng cho một địa bàn thống trị rộng lớn từ Bắc chí Nam. Một trong những yếu tố khách quan giúp vua khôi phục Vương triều thành công đó chính là nhờ sự ủng hộ của nhân dân Gia Định. Trong suốt thời kỳ trị vì của mình từ năm 1802 đến năm 1820, Thế tổ Cao hoàng đế đã rất lưu tâm và luôn đề cao vai trò của vùng đất Gia Định.
Vua Gia Long tên thật là Nguyễn Phúc Ánh, thường gọi là Nguyễn Ánh, sinh ngày 15 tháng 01 năm Nhâm Ngọ (08.02.1762). Lúc nhỏ được đưa vào trong cung với chúa Nguyễn Phúc Thuần, sau theo Nguyễn Phúc Thuần vào Nam. Năm 1774, quân chúa Trịnh tiến chiếm Thuận Hóa, Nguyễn Phúc Ánh chạy vào Quảng Nam, sau đó vào Gia Định với Nguyễn Phúc Thuần.
Năm Mậu Tuất (1778), vua được chúa Nguyễn Phúc Thuần suy tôn làm Đại nguyên soái, quyền coi việc nước khi mới 17 tuổi. Khi chúa Nguyễn Phúc Thuần bị quân Tây Sơn đánh bại, Nguyễn Phúc Ánh chạy trốn vượt biển ra đảo Thổ Chu, sau đó trở lại Long Xuyên, thu thập quân sĩ chiếm lại Sài Gòn (Gia Định).
Năm Canh Tý (1780), Nguyễn Phúc Ánh xưng vương. Ngôi báu chưa yên, ngai vàng chưa vững đã bị quân Tây Sơn đánh bại không còn đất dung thân, vua nhiều lần thua trận phải chạy trốn ra đảo Phú Quốc, chạy sang Vọng Các (Thái Lan) rồi cuối cùng phải cầu viện Pháp, đưa con là Hoàng tử Cảnh sang Pháp làm con tin.
Năm 1788, Nguyễn Ánh chiếm lại được Gia Định. Tuy đã xưng vương mà chưa đặt niên hiệu, vẫn dùng niên hiệu vua Lê. Tháng 5, năm Nhâm Tuất (1802), vua lấy lại được toàn bộ đất đai cũ của các chúa Nguyễn, Nguyễn Vương Phúc Ánh cho lập đàn tế cáo trời đất thiết triều tại Phú Xuân, đặt niên hiệu là Gia Long năm thứ nhất, đặt quốc hiệu là Việt Nam.
Năm Kỷ Hợi (1779), chúa Nguyễn đã chia miền Nam làm thành trấn Hà Tiên và 4 dinh (Trấn Biên, Phiên Trấn, Trường Đồn và Long Hồ) nằm trong sự quản lý của phủ Gia Định. Mộc bản sách Đại Nam thực lục chính biên đệ nhất kỷ, quyển 1, mặt khắc 7, 8, khắc ghi sự việc như sau: “Mùa đông, tháng 11, xem đồ bản các dinh đất Gia Định, chia vạch địa giới ba dinh Trấn Biên, Phiên Trấn và Long Hồ khiến cho liên lạc nhau. Dinh Trấn Biên lãnh 1 huyện (Phúc Long), có 4 tổng (Tân Chính, Bình An, Long Thành và Phúc An), dinh Phiên Trấn lãnh 1huyện là Tân Bình, có 4 tổng (Bình Dương, Tân Long, Phúc Lộc và Bình Thuận); dinh Long Hồ đổi làm dinh Hoằng Trấn, lãnh 1 châu là Đinh Viễn, có 3 tổng (Bình An, Bình Dương và Tân An). Lại thấy đạo Trường Đồn là nơi yếu địa của ba dinh nên đặt làm dinh Trường Đồn (nay là tỉnh Định Tường), lãnh 1 huyện (Kiến An), có 3 tổng (Kiến Đăng, Kiến Hưng và Kiến Hòa). Đặt các chức lưu thủ, cai bạ, ký lục để cai trị. Buổi quốc sơ, đất Gia Định còn là nơi nhiều rừng rú đầm lầy, mộ dân tới ở, cho tùy tiện lập ấp vỡ hoang (có nơi ở về Phiên Trấn mà đánh thuế làm đất Trấn Biên, cũng có nơi ở về Trấn Biên mà đánh thuế làm đất Phiên Trấn), các thửa ruộng đất chỉ ước số đại khái, không chia ra hạng tốt, hạng xấu, đặt chín trường khố nạp riêng (các kho Quy An, Quy Hóa, Cảnh Dương, Thiên Mụ, Giản Thảo, Hoàng Lạp, Tam Lạch, Bả Canh, Tân Thịnh) để thu thuế. Số thuế nhiều ít không đều nhau. Đến đây vạch định cương giới, bỏ chín khố trường, sai các dinh châm chước lệ cũ thuế điền thổ mà chữa lại cho cân bằng”.
Đến năm Canh Tuất (1790), trước khi lên ngôi báu, chúa Nguyễn Phúc Ánh đã chọn Sài Gòn làm kinh đô với tên gọi đầu tiên là Gia Định kinh. Chúa bước đầu cho sửa quân chế, định quan chế, nêu phép cấm, chính triều nghi… Tên gọi Gia Định kinh tồn tại 11 năm, đến năm 1801, sau khi lên ngôi, vua Gia Long đã dời đô về Phú Xuân (Huế).
Năm Nhâm Tuất (1802), phủ Gia Định được vua Gia Long cho đổi tên thành trấn Gia Định, các dinh được đổi thành các trấn Phiên An, Biên Hòa, Định Tường, Vĩnh Thanh và Hà Tiên. Đến năm Mậu Thìn (1808), sau khi thống nhất đất nước về mặt lãnh thổ, vua Gia Long đã cho tổ chức lại các đơn vị hành chính từ trung ương đến địa phương. Cả nước được chia thành 23 trấn, 4 dinh. Từ Ninh Bình trở ra gọi là Bắc Thành gồm 11 trấn (5 nội trấn và 6 ngoại trấn). Từ Bình Thuận trở vào gọi là Gia Định thành cai quản 5 trấn gồm: Phiên An, Biên Hòa, Vĩnh Thanh, Định Tường và An Giang. Sự kiện này được Mộc bản sách Đại Nam thực lục chính biên đệ nhất kỷ, quyển 34, mặt khắc 1 ghi chép như sau: “Vua thấy địa thế Gia Định rộng lớn, sai đình thần bàn kỹ việc kinh lý để giữ gìn bờ cõi cho vững mạnh. Bèn đổi Gia Định trấn làm Gia Định thành, dinh Phiên Trấn làm trấn Phiên An, dinh Trấn Biên làm trấn Biên Hòa, dinh Vĩnh Trấn làm trấn Vĩnh Thanh, dinh Trấn Định làm trấn Định Tường; thuộc trấn Phiên An thì huyện Tân Bình làm phủ Tân Bình, tổng Bình Dương làm huyện Bình Dương, tổng Tân Long làm huyện Tân Long, tổng Phúc Lộc làm huyện Phúc Lộc, tổng Bình Thuận làm huyện Thuận An; thuộc trấn Biên Hòa thì huyện Phúc Long làm phủ Phúc Long, tổng Tân Chính làm huyện Phúc Chính, tổng Bình An làm huyện Bình An, tổng Long Thành làm huyện Long Thành, tổng Phúc An làm huyện Phúc An…”.
Nhận thấy 4 trấn trong Gia Định đất đai rộng, bấy lâu nay chiến tranh loạn lạc, ruộng vườn bỏ hoang, dân chưa chăm nghề cày ruộng, nhân dân đói khổ triền miên, quân lương chưa được đầy đủ…, vua Gia Long đã giao cho Tiền dực hiệu Chánh cơ Nguyễn Bình trông coi việc cấp phát điền khí, lúa giống, đậu, bắp, hễ gặt hái xong thì đem nạp vào kho.
Tháng 2 năm Canh Ngọ (1810), vua cho: “Đắp đập ở hai xã Kim Đôi và Yên Xuân. Vua thấy nước biển làm hại nghề nông, hạ lệnh đắp đập để ngăn”. Tháng 6, năm đó, vua ra chỉ dụ miễn thuế cho trấn Hà Tiên, dân vui mừng lắm.
An ninh quốc phòng ở Gia Định luôn là mối quan tâm hàng đầu của vua Gia Long, bởi theo nhà vua thì: “Gia Định là đất trung hưng. Trước kia đất 1 thành quân mà lấy lại được cơ nghiệp cũ. Sau khi đại định, vui cho dân ta nghỉ vai. Nhưng lại nghĩ nước nhà dẫu yên, không nên quên việc đánh dẹp. Huống chi ở gần biên giới phải biết phòng bị trước mới khỏi lo sau…”. Tháng 9, cùng năm, vua xuống lệnh cho các trấn đạo ở Gia Định phải lập hương binh, làm đồ khí giới, chế thuốc súng và giữ cao lương để phòng binh biến. Vì lúc ấy, Chân Lạp và Xiêm hiềm khích với nhau, Gia Định gần thành Nam Vang nên phải phòng giữ trước.
Tháng 4, năm Giáp Tuất (1814), vua nhận thấy vị trí quan trọng của thành Gia Định ở xứ Nam Kỳ nên đã chọn lựa rất kỹ lính phòng thủ thành Gia Định. Mộc bản triều Nguyễn cho biết như sau: “Kén lính ở Gia Định. Thành thần cho là trọng địa ở cõi Nam, tâu xin kén lính để mạnh mẽ biên phòng. Vua giao xuống triều đình. Chuẩn cho theo sổ tuyển năm Quý Dậu lấy dân đinh các hạng tráng, quân, dân các trấn Phiên An, Biên Hòa, Vĩnh Thanh, Định Tường 49.700 người. Phiên An 12.534 người, Biên Hòa 5.201 người, Vĩnh Thanh 21.054 người… hằng năm cứ tháng 3 tháng 11 thì đến thành thao diễn 1 tháng, rồi cho về”.
Ngoài ra, vua Gia Long còn cho thi hành nhiều chính sách có lợi cho nhân dân thành Gia Định như phát chẩn thóc gạo, tiền cho dân khi xảy ra thiên tai, lũ lụt; lập sở dưỡng tế ở chùa Kim Chương cho dân cùng túng quẫn, không nơi nương tựa, cấp lương cho ăn, tha giảm thuế ruộng, thuế thân… cho nhân dân tỉnh thành.
Có thể nói, vùng đất Gia Định không chỉ đơn thuần là một phần lãnh thổ của Việt Nam, mà còn là mảnh đất ân tình đối với vua Gia Long. Đáp lại những tình cảm mà người dân Gia Định dành cho vua trong sự nghiệp trung hưng, Thế tổ Cao hoàng đế đã ra sức tạo dựng một Gia Định ổn định và phát triển. Đó cũng là tiền đề cho một Vương triều vững mạnh dưới thời vua Gia Long.
