Trong khuôn khổ chuyến thăm chính thức của Thủ tướng Việt Nam Nguyễn Xuân Phúc đến Nhật Bản, ngày 10-10-2018 tại Tokyo, Vietjet đã đồng loạt khai trương ba đường bay từ Việt Nam đến Nhật Bản, góp phần tăng trưởng du lịch, kinh tế và giao thương giữa hai nước và trong khu vực. Sự kiện diễn ra với sự chứng kiến của Thủ tướng Chính phủ Việt Nam Nguyễn Xuân Phúc và đại diện lãnh đạo cấp cao của Chính phủ Nhật Bản và Việt Nam.
Theo kế hoạch, Vietjet sẽ khai thác ba đường bay giữa Nhật Bản và Việt Nam liên tục trong 3 tháng tới, bao gồm đường bay Hà Nội-Osaka từ ngày 8-11-2018, đường bay TP.HCM-Osaka từ ngày 14-12-2018 và đường bay Hà Nội-Tokyo từ ngày 11-1-2019. Các đường bay đều được khai thác hằng ngày.
Trước đó, Vietjet đã cùng đối tác Nhật Bản tổ chức một số chuyến bay từ Việt Nam tới các thành phố Osaka, Narita, Sendai, Nagoya, Komatsu, Ibaraki và Fukushima.