Dòng sông Bến Nghé còn có tên gọi khác là Ngưu Chử, Ngưu Tân hay Tân Bình giang, ban đầu là tên của một bến nước, sau chỉ một con sông, cuối cùng dùng chỉ một địa phương (vùng trung tâm Thành phố Hồ Chí Minh hiện nay). Và có một thời, mỗi khi người ta nói Đồng Nai – Bến Nghé tức là nhắc đến cả một vùng đất Nam bộ.
Tuy nhiên, hiện nay trên bản đồ khúc sông này vẫn được ghi là sông Sài Gòn. Còn cái tên Bến Nghé hiện chỉ còn dùng để chỉ một con rạch: rạch Bến nghé chảy từ sông Sài Gòn (cầu Khánh Hội) đến cầu Chữ Y. Con rạch này nhận nước của sông Sài Gòn và là ranh giới tự nhiên giữa quận 1 và quận 4.
Xung quanh tên gọi Bến Nghé, hiện còn tồn tại hai thuyết giải thích về vấn đề trên. Thuyết thứ nhất là theo học giả Trương Vĩnh Ký, từ Bến Nghé có nguồn gốc từ tiếng Khmer: Kompong: bến, Kon Krabei: con trâu. Nhà địa danh học Lê Trung Hoa cũng đồng ý rằng: Bến Nghé là cái bến mà “người ta thường cho trâu, bò ra tắm” vì có nhiều địa danh cấu tạo bằng “bến + tên thú” như: rạch Bến Nghé (Nhà Bè), rạch Bến Tượng (Sông Bé)… cho nên Bến Nghé có lúc còn được gọi là Bến Trâu như trong bài “Gia Định thất thủ vịnh”: Tàu khói chạy mây tuôn sông mấy khúc, lờ lạt Bến Trâu.
- Xem thêm: Vua Gia Long và vùng đất Gia Định
Còn thuyết thứ hai là theo Phó bảng Nguyễn Văn Siêu trong cuốn Phương Đình dư địa chí (1882) thì: tục truyền sông này nhiều cá sấu, từng đàn đuổi nhau kêu gầm như tiếng trâu rống, cho nên gọi tên như thế (nghé tức trâu con). Sách Đại Nam nhất thống chí, quyển 31, phần tỉnh Gia Định cũng ghi tương tự: “Sông Ngưu Chử (Bến Nghé): ở cách huyện Bình Dương 5 dặm về phía Bắc, có tên nữa là sông Tân Bình, phát nguyên từ thác lớn Bưng Đàm, chảy về phía Đông qua thử sở Tầm Vông, đến sông Băng Bọt qua sông Bình Đồng, đến bến đò trước tỉnh thành, rồi chuyển về phía Bắc, xuống phía Đông vào ngã ba Nhà Bè, hợp với sông Phúc Bình, lại chảy chừng 142 dặm, đổ ra biển Cần Giờ. Hai bên sông nhiều chi lưu, phía Tây Nam là địa giới tỉnh Gia Định, phía Đông Bắc là địa giới tỉnh Biên Hòa. Lòng sông rộng và sâu, thuyền buôn nước ta cùng các nước liên tiếp nhau buồm cột lươn lướt, là một chỗ đại đô hội. Tương truyền sông này trước nhiều cá sấu, từng đàn đuổi nhau, rống lên như trâu rống cho nên gọi tên như thế…”.
Dưới triều Nguyễn, dòng sông Bến Nghé đóng một vai trò quan trọng trong tâm linh của các bậc “thiên tử” đứng đầu thiên hạ. Dựa vào nước sông trong hay đục mà các vua chiêm ứng sự may rủi khác nhau. Vào năm Đinh Mùi (1787), khi chưa lên ngôi, thấy sông Bến Nghé nước trong 3 ngày, vua Gia Long đã cho là gần có điềm lành. Và vào ngày Đinh Dậu, tháng 8, năm đó, vua chiếm lại được thành Gia Định. Sau này, khi đã lên ngai vàng, sự kiện này được vua nhắc lại như sau: “Sông Bến Nghé ở Gia Định nước trong suốt 12 ngày. Trước kia, khi vua lấy lại thành Gia Định nước sông đã trong; đến nay Hoàng thái tử mới lập, nước sông lại trong, người đều cho là ứng điềm thánh nối thánh”.
Năm Tân Tỵ (1821), khi thấy nước sông Bến Nghé ở Gia Định trong từ ngày Bính Thìn đến ngày Tân Dậu, tổng là 6 ngày. Thành thần làm biểu tâu lên. Vua Minh Mạng đã rất vui mừng xuống dụ trấn thần Phiên An rằng: “Năm Mậu Thân ở Gia Định nước sông trong, thì Hoàng khảo Thế tổ Cao hoàng đế ta lấy được cõi Nam, trẻ già đều bảo là triệu thái bình, không hỏi ai mà đều nói vậy. Thế rồi tức khắc thống nhất đất nước. Năm Đinh Sửu nước sông lại trong, nay lại tâu rằng nước sông trong. Trẫm nghĩ rằng trời nhiều lần giáng điềm lành, thực là báo khí hậu thuận hoà, mùa màng phong nẫm, trong ngoài yên lành, để dân ta đều được hưởng phúc. Vậy phải sửa lễ mà tế để đáp ơn thần”.
Năm Giáp Thân (1824), khi thấy sông Bến Nghé nước lại trong suốt vài mươi dặm, vua Minh Mạng ngay lập tức đã dụ bảo bầy tôi sai lấy lương lụa của kho nội, sai thành thần Gia Định sắm lễ để tế một đàn ở dòng sông Bến Nghé. Mộc bản sách Đại Nam thực lục chính biên đệ nhị kỷ, quyển 10, mặt khắc 2, ghi chép về sự việc này như sau: “Năm Minh Mệnh thứ 2, sông ấy lại trong, nay lại thấy tâu nước sông một màu trong suốt mà vị ngọt ngào, trẫm nghĩ từ khi lên ngôi đến nay, hai lần sông trong, thực là trời cho điềm tốt. Song trẫm càng thêm kính sợ, chẳng dám lấy thái bình mà tự phụ”. Bèn sai lấy lương lụa của kho nội, sai thành thần Gia định sắm lễ để tế một đàn”. Về hạt Gia Định: sông Bến Nghé, lễ dùng 1 trâu.
Nhận thấy sự lành dữ, đặc biệt là điềm ứng thái bình khi nước sông trong của sông Bến Nghé, Thế tổ Nhân hoàng đã cho khắc hình ảnh dòng sông Bến Nghé lên Cao đỉnh (1 trong 9 cửu đỉnh đặt ở trước sân Thế miếu) bên cạnh các hình như mặt trời, biển Đông, núi Thiên Tôn, sông Ngưu Chử, chim trĩ, con hổ, con ba ba, con rồng, hoa tử vi, quả mít, hạt thóc tẻ, trầm hương, gỗ thiết…
Dưới triều vua Thiệu Trị, vào ngày 15 tháng 12 năm Tân Sửu (1841), Hiến tổ Chương hoàng đế kính cẩn chắp tay, cúi đầu, viết bài tự sự và làm bài minh nói về công đức của bậc tiền nhân, trong đó có đoạn nhắc về công lao của Hoàng đế Gia Long và sự kiện nước trong của sông Bến Nghé rằng:
“Rực rỡ Đại Nam,
Trời giúp bền lâu.
Tổ, tông gây, đắp.
Mở cho đời sau.
Thế tổ trung hưng,
Chín cõi gồm có,
Dựng, giữ gồm hai,
Công cao, đức rõ.
Vẻ vang Hoàng khảo,
Chịu mệnh, sửa sang ;
Thánh lại nối thánh,
Noi đúng phép thường.
Sông trong, ấn ra,
Điềm tốt đến cả…”
Sông trong ở đây là chỉ dòng sông Bến Nghé và điềm lành nối thánh của vua Gia Long.
Còn vị vua thứ 4 triều Nguyễn, vào năm Canh Tuất (1850), khi cho định lại phép bày đàn, đồ thờ, điển lễ tế tự về các thần núi sông, trong đó có thần sông Bến Nghé, vua Tự Đức quy định: “Lễ dùng trâu, dê, lợn. Lấy tháng trọng xuân, trọng thu, sau khi ngày Mậu tế đàn Xã Tắc thì tế. Chỗ nào có núi cao sông lớn thì đặt 3 án: chính giữa 1 án, bày bài vị thần núi cao, sông lớn bên đông, bên tây mỗi bên 1 án, bày bài vị thần các núi các sông. Chỗ nào có núi cao mà không có sông lớn, hoặc có sông lớn mà không có núi cao thì án chính giữa bày 1 bài vị thần các núi các sông”.
Có thể nói, đối với triều đình nhà Nguyễn, sông Bến Nghé không những có vai trò chiến lược đối với vùng đất Gia Định xưa, mà còn mang ý nghĩa quan trọng nhắc đến công lao của các vua chúa Nguyễn trong việc mở cõi phương Nam và nhiều lần gắn với điềm lành, được thiêng hóa. Vì thế, sông được khắc hình lên cửu đỉnh, ghi vào điển thờ.